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Como actividad enmarcada dentro de las funciones de Laboratorio Nacional de Referencia en materia de residuos en animales y en sus productos (RD 1749/1998 de 31 de julio), cabe considerar la organización de ensayos de intercomparación dirigidos a los laboratorios de las CCAA que participan en el Plan Nacional de Investigación de Residuos. Por tal motivo el Centro Nacional de Alimentación ha organizado ensayos de aptitud para las técnicas de cribado y post-cribado de residuos de antibióticos en carne, cloranfenicol en leche, sulfamidas en músculo de porcino, anabolizantes en orina, b-agonistas en orina y en retina, quinolonas en músculo de pollo, etc.
También el CNA ha colaborado en la organización de un estudio de intercomparación para la eterminación de Ocratoxina A en pimentón, con la participación de Laboratorios oficiales y del sector industrial de la Comunidad de Murcia.
Asimismo el CNA colabora con otros organismos a fin de realizar estudios puntuales sobre determinadas metodologías, así como con organismos Internacionales para participar en proyectos de investigación y control.
En el campo de los residuos de medicamentos veterinarios, el CNA participa asiduamente en ensayos de intercomparación internacionales organizados por los Laboratorios Comunitarios de Referencia y otras organizaciones tales como FAPAS, Progetto Trieste, Universidad de Gante, etc. En el campo de los residuos fitosanitarios y dioxinas, el CNA participa en ensayos de intercomparación nacionales e internacionales (FAPAS, TESTQUAL etc.), abarcando tanto de ensayos de aptitud como de ensayos de certificación de materiales de referencia.
Igualmente el CNA participa asiduamente en ensayos interlaboratorio internacionales organizados por el Laboratorio Comunitario de Referencia de productos de la pesca, CEFAS, en el Reino Unido, con difusión a los laboratorios de las CC.AA
